No dia 26 de janeiro de 1930 foi assinada a ata de fundação do São Paulo Futebol Clube, nascido da união entre a Associação Atlética das Palmeiras e o Club Athlético Paulistano ficando como data magna do clube o dia 25 de janeiro de 1930, dia e mês em que foi fundada a cidade de São Paulo. Conservando as tradições do passado, o uniforme do novo clube estamparia as faixas vermelhas e pretas em homenagem aos dois clubes fundadores.
O São Paulo ainda herdaria o campo pertencente à Associação Atlética das Palmeiras, a chamada “Chácara da Floresta”, razão pela qual passou a ser conhecido como "São Paulo da Floresta" em seus primeiros anos.
Como conquistas, o Tricolor Paulista venceu o Campeonato Paulista de 1931 em seu segundo ano de existência, e conseguiu sagrar-se vice em 1930, 1932, 1933 e 1934. Foi também vice-campeão do Torneio Rio-São Paulo de 1933. Portanto, o Tricolor Paulista, clube recém fundado, estava no topo do futebol local, um fato extraordinário, mas nem tanto se levadas em considerações suas origens vencedoras.
O São Paulo comprou, então, uma nova sede, suntuosa, localizada na Rua Conselheiro Crispiniano (no centro da cidade), um pequeno palácio conhecido como "Trocadero", ao custo de 190 contos de réis. Essa dívida era grande para a época, porém o clube, detentor de um campo como o da Floresta e um quadro de jogadores que valia muito, não se deixava abalar por isso. Porém alguns dirigentes do clube, que andavam descontentes com os rumos do futebol no país, resolveram fundir-se com o Clube de Regatas Tietê e acabar com o departamento de futebol. Outro grupo, favorável a continuidade do clube, e liderados pelo doutor Paulo Sampaio foram à Justiça e, no dia 23 de abril de 1935, impugnaram o direito da diretoria fundir o clube com o Tietê sem que a opinião dos sócios fosse ouvida.
Os sócios obtiveram ganho de causa mesmo após a defesa da diretoria do clube. A diretoria não teve outra saída senão convocar uma assembleia geral. Porém o artigo 2.º dos estatutos do clube á época dizia que somente os "sócios fundadores", considerados "proprietários" do clube e que somavam 200, poderiam compor a assembleia. Como a maioria deles era ligado à diretoria a fusão foi aprovada no dia 14 de maio de 1935.Nesse dia, e debaixo de chuva, o departamento de futebol foi oficialmente extinto e desfiliado da APEA.Com a fusão, a parte administrativa foi fundida ao Clube de Regatas Tietê que incorporou todos os patrimônios físicos e que, em troca, quitaria os créditos do clube e não poderia usar as cores, uniformes e símbolos do São Paulo. Surgia assim o Tietê-São Paulo.
Após a fusão com o C.R. Tietê, alguns antigos sócios do Tricolor Paulista, inconformados com tudo o que ocorrera, decidiram restabelecer o clube, surgindo assim no dia 4 de junho de 1935 o Clube Atlético São Paulo. E no dia 16 de dezembro de 1935 ressurgiria o São Paulo Futebol Clube que, depois de tantos empecilhos e ressurreições, ganhou o apelido de "Clube da Fé" do jornalista Thomaz Mazzoni.
O São Paulo Futebol Clube recebeu o título de "O Mais Querido" durante o período da ditadura Vargas, no qual eram proibidas as ostentações das bandeiras estaduais. Na ocasião da inauguração do Estádio do Pacaembu em 27 de abril de 1940, o Tricolor Paulista entrou ostentando o nome e as cores do time que são as mesmas do estado de São Paulo. O estádio inteiro e os locutores de todas as rádios, revoltados com a censura, driblaram-na aplaudindo de pé o time que carrega até hoje as cores vermelho, preto e branco.
No dia seguinte, o jornal A Gazeta Esportiva estampava em sua capa a manchete "O Clube Mais Querido da Cidade". Passado mais um tempo, o DEIP — Departamento Estadual de Imprensa e Propaganda — promoveu um concurso público entre torcedores de todas as agremiações da época. Com Corinthians e Palestra Itália sendo favoritos — pois possuíam as maiores torcidas —, o vencedor acabou sendo o São Paulo com 5 523 votos, mais que a soma de votos dos seus dois principais concorrentes. Até hoje o slogan "O Mais Querido" figura entre os impressos de correspondência do clube.
Porém foi somente em 1942 que tudo mudou para o clube com a contratação mais cara do futebol da época: Leônidas da Silva. Ele fora contratado para que o clube conquistasse seu segundo título paulista.E deu certo! Na reunião que definiria o calendário do Paulista de 1943 na sede da Federação Paulista um dirigente do Corinthians disse que o encontro não era necessário pois, ao lançar uma moeda ao ar, o campeão seria definido: se desse cara o campeão seria o Corinthians e se desse coroa, o Palmeiras — antigo Palestra Itália. Ao ser questionado sobre o São Paulo pelo representante tricolor, o dirigente respondeu que se a moeda parasse em pé o campeão seria o São Paulo e se parasse no ar seria a Portuguesa.Realmente até aquele momento o Tricolor era tratado com um time mediano que não rivalizava com os rivais supracitados. Dessa maneira se iniciou o campeonato, com o São Paulo disposto a quebrar a hegemonia de Corinthians e Palmeiras. Até que no último jogo, contra o Palmeiras, o São Paulo segura um empate sem gols e fatura o título do ano em que a moeda caiu em pé.Por conta dessa conquista o então Grêmio são-paulino fez uma marcha à noite com um carro alegórico que continha uma moeda em pé somente para ir buscar a Taça dos Invictos no prédio de A Gazeta Esportiva.
A partir daí o Tricolor do Morumbi conquistou cinco títulos na década de 1940, com o Paulista de 1943, os bicampeonatos do Paulista de 1945/Paulista de 1946 e Paulista de 1948/Paulista de 1949.
Em 1950 o craque do clube, Leônidas, se aposentoue junto a isso começou a tomar força um movimento para a construção de um estádio. Com isso o clube sanou suas dívidas e partiu em busca de um terreno para a construção. Após o terreno na área do que é hoje o bairro do Jardim Leonor, na região do Morumbi, a pedra fundamental foi lançada e em 1953 teve início a construção com o futebol sendo relegado a segundo plano.Mesmo assim, o clube conquistou os Paulistas 1953 e 1957.
Em 1960 o estádio Cícero Pompeu de Toledo foi parcialmente inaugurado de modo a aumentar a arrecadação do clube.Com todos os esforços sendo desviados para o estádio ainda inacabado, o clube ficou o período entre 1957 e 1970 sem conquistar títulos oficiais. Somente após a inauguração total, em 1970, é que vieram os títulos com os Paulistas de 1970, 1971 e 1975 e o inédito Campeonato Brasileiro de 1977. Houve ainda os vice-campeonatos do Brasileiro de 1971, Brasileiro de 1973 e da Libertadores de 1974.
A década de 1980 se inicia com o bicampeonato paulista de 1980 e 1981 e em 1984 o time forma os chamados Menudos do Morumbi com a liderança do técnico Cilinho, em alusão à banda porto-riquenha Menudo, com vários jogadores vindos da base, entre eles, Müller. Com esse time o clube conquista o bicampeonato brasileiro em 1986 e os Paulistas de 1985 e 1987. Já sem os "Menudos", o clube conquista o Paulista de 1989.
Em 1990 o São Paulo começa mal e coube a Telê Santana recuperar o time.Já em 1991 o time conquista o Paulista de 1991 e o tricampeonado Brasileiro em 1991. Logo após, conquista o bicampeonato da Copa Libertadores da América em 1992 e 1993 e o bicampeonato Mundial Interclubes também em 1992 e 1993. O São Paulo conquistou ainda o Paulista de 1992, a Supercopa de 1993, as Recopas Sul-Americanas de 1993 e 1994, a Copa Conmebol de 1994, a Copa Master da Conmebol de 1996 e o Paulista de 1998.
Com as conquistas do Campeonato Paulista de 2000 e do Rio-São Paulo de 2001 o time parecia engrenado, mas foi somente com uma reformulação no elencoque o time conquistou, em 2005, o Campeonato Paulista, a Libertadores da América e novamente o mundo.Após essa conquista o desmanche no elenco foi inevitável.
Durante os anos de 2006, 2007 e 2008 o clube tentou a conquista da América e do mundo novamente, mas sem sucesso.Coube então ao time se esforçar para a conquista do inédito tricampeonato brasileiro de 2006, 2007 e 2008.